MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Sinorhizobium fredii USDA 257 chromosome

Total Repeats: 130637

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018000	GGTC	2	8	151	158	0 %	25 %	50 %	25 %	398349898
2	NC_018000	T	6	6	241	246	0 %	100 %	0 %	0 %	398349898
3	NC_018000	CAA	2	6	259	264	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	398349898
4	NC_018000	CAG	2	6	296	301	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398349898
5	NC_018000	CGG	2	6	363	368	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398349898
6	NC_018000	CTGCCC	2	12	411	422	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	398349898
7	NC_018000	CGC	2	6	448	453	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398349898
8	NC_018000	GCC	2	6	473	478	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398349898
9	NC_018000	CGC	2	6	510	515	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398349898
10	NC_018000	TCG	2	6	543	548	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398349898
11	NC_018000	TGC	2	6	574	579	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398349898
12	NC_018000	GC	3	6	581	586	0 %	0 %	50 %	50 %	398349898
13	NC_018000	GCCGGC	2	12	599	610	0 %	0 %	50 %	50 %	398349898
14	NC_018000	TGC	2	6	688	693	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398349898
15	NC_018000	GTC	2	6	719	724	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398349898
16	NC_018000	CGG	2	6	732	737	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398349898
17	NC_018000	ACG	2	6	777	782	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398349898
18	NC_018000	TCT	2	6	817	822	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398349898
19	NC_018000	CGA	2	6	829	834	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398349898
20	NC_018000	TGC	2	6	891	896	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398349898
21	NC_018000	GGT	2	6	913	918	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	398349898
22	NC_018000	GGC	2	6	922	927	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398349898
23	NC_018000	CGTT	2	8	967	974	0 %	50 %	25 %	25 %	398349898
24	NC_018000	GCG	2	6	987	992	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398349898
25	NC_018000	GC	3	6	1115	1120	0 %	0 %	50 %	50 %	398349898
26	NC_018000	CAGC	2	8	1128	1135	25 %	0 %	25 %	50 %	398349898
27	NC_018000	CTC	2	6	1166	1171	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398349898
28	NC_018000	CCG	2	6	1174	1179	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398349898
29	NC_018000	TCGA	2	8	1199	1206	25 %	25 %	25 %	25 %	398349898
30	NC_018000	GCT	2	6	1219	1224	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398349898
31	NC_018000	GCCGC	2	10	1249	1258	0 %	0 %	40 %	60 %	398349898
32	NC_018000	GTC	2	6	1283	1288	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398349898
33	NC_018000	CCG	2	6	1330	1335	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398349898
34	NC_018000	CG	3	6	1338	1343	0 %	0 %	50 %	50 %	398349898
35	NC_018000	CGC	2	6	1392	1397	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398349898
36	NC_018000	GCC	2	6	1416	1421	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398349898
37	NC_018000	CGG	2	6	1426	1431	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398349898
38	NC_018000	CGC	2	6	1652	1657	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398349899
39	NC_018000	T	7	7	1691	1697	0 %	100 %	0 %	0 %	398349899
40	NC_018000	ACA	2	6	1783	1788	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	398349900
41	NC_018000	AGG	4	12	1816	1827	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	398349900
42	NC_018000	CCG	2	6	1849	1854	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398349900
43	NC_018000	CG	3	6	1895	1900	0 %	0 %	50 %	50 %	398349900
44	NC_018000	CGA	2	6	1909	1914	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398349900
45	NC_018000	CCA	2	6	1921	1926	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398349900
46	NC_018000	GA	3	6	1945	1950	50 %	0 %	50 %	0 %	398349900
47	NC_018000	ATGG	2	8	1959	1966	25 %	25 %	50 %	0 %	398349900
48	NC_018000	GCC	2	6	2061	2066	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398349900
49	NC_018000	CG	3	6	2170	2175	0 %	0 %	50 %	50 %	398349901
50	NC_018000	GC	3	6	2190	2195	0 %	0 %	50 %	50 %	398349901
51	NC_018000	TGC	2	6	2196	2201	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398349901
52	NC_018000	AGG	2	6	2241	2246	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	398349901
53	NC_018000	GAA	2	6	2275	2280	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398349901
54	NC_018000	CCG	2	6	2285	2290	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398349901
55	NC_018000	CG	3	6	2289	2294	0 %	0 %	50 %	50 %	398349901
56	NC_018000	GCC	2	6	2300	2305	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398349901
57	NC_018000	TCG	2	6	2316	2321	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398349901
58	NC_018000	GCG	2	6	2347	2352	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398349901
59	NC_018000	GCC	2	6	2374	2379	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398349901
60	NC_018000	GCT	2	6	2386	2391	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398349901
61	NC_018000	CGA	2	6	2452	2457	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398349901
62	NC_018000	GCT	2	6	2467	2472	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398349901
63	NC_018000	GCA	2	6	2481	2486	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398349901
64	NC_018000	CAG	2	6	2507	2512	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398349901
65	NC_018000	CCTT	2	8	2568	2575	0 %	50 %	0 %	50 %	398349901
66	NC_018000	GGC	2	6	2584	2589	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398349901
67	NC_018000	GCC	2	6	2630	2635	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398349901
68	NC_018000	CGC	2	6	2659	2664	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398349901
69	NC_018000	CGG	2	6	2685	2690	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398349901
70	NC_018000	GAT	2	6	2698	2703	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398349901
71	NC_018000	CCG	2	6	2757	2762	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398349901
72	NC_018000	CGA	2	6	2770	2775	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398349901
73	NC_018000	CTC	2	6	2852	2857	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398349901
74	NC_018000	CG	6	12	2865	2876	0 %	0 %	50 %	50 %	398349901
75	NC_018000	CAT	2	6	2899	2904	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398349901
76	NC_018000	AGGACC	2	12	2913	2924	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398349901
77	NC_018000	GGC	2	6	2925	2930	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398349901
78	NC_018000	GAT	2	6	2944	2949	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398349901
79	NC_018000	GAT	2	6	2965	2970	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398349901
80	NC_018000	TCG	2	6	2989	2994	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398349901
81	NC_018000	TGCA	2	8	3033	3040	25 %	25 %	25 %	25 %	398349901
82	NC_018000	GCT	2	6	3082	3087	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398349901
83	NC_018000	GTC	2	6	3122	3127	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398349901
84	NC_018000	GCG	2	6	3173	3178	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398349901
85	NC_018000	TAT	2	6	3224	3229	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	398349901
86	NC_018000	GCG	2	6	3240	3245	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398349901
87	NC_018000	AGC	2	6	3255	3260	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398349901
88	NC_018000	GC	3	6	3278	3283	0 %	0 %	50 %	50 %	398349901
89	NC_018000	CCA	2	6	3312	3317	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398349901
90	NC_018000	GCC	2	6	3320	3325	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398349901
91	NC_018000	GCC	2	6	3329	3334	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398349901
92	NC_018000	AGC	2	6	3345	3350	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398349901
93	NC_018000	ACC	2	6	3354	3359	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398349901
94	NC_018000	AGA	2	6	3394	3399	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398349901
95	NC_018000	CG	3	6	3554	3559	0 %	0 %	50 %	50 %	398349902
96	NC_018000	CAGGC	2	10	3651	3660	20 %	0 %	40 %	40 %	398349902
97	NC_018000	GACG	2	8	3756	3763	25 %	0 %	50 %	25 %	398349902
98	NC_018000	CGCC	2	8	3858	3865	0 %	0 %	25 %	75 %	398349902
99	NC_018000	TCG	2	6	3950	3955	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398349902
100	NC_018000	AGC	2	6	3996	4001	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398349903
101	NC_018000	CGC	2	6	4004	4009	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398349903
102	NC_018000	CACGG	2	10	4080	4089	20 %	0 %	40 %	40 %	398349903
103	NC_018000	GCC	2	6	4115	4120	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398349903
104	NC_018000	TC	3	6	4256	4261	0 %	50 %	0 %	50 %	398349903
105	NC_018000	TCA	2	6	4349	4354	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398349903
106	NC_018000	GGC	2	6	4394	4399	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398349903
107	NC_018000	CCG	2	6	4449	4454	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398349903
108	NC_018000	CGT	2	6	4463	4468	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398349903
109	NC_018000	AGG	3	9	4534	4542	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	398349903
110	NC_018000	GGC	2	6	4599	4604	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398349903
111	NC_018000	GC	3	6	4603	4608	0 %	0 %	50 %	50 %	398349903
112	NC_018000	GCC	2	6	4652	4657	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398349903
113	NC_018000	TGC	2	6	4669	4674	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398349903
114	NC_018000	CGA	2	6	4685	4690	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398349903
115	NC_018000	TGG	2	6	4701	4706	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	398349903
116	NC_018000	GC	3	6	4709	4714	0 %	0 %	50 %	50 %	398349903
117	NC_018000	TCG	2	6	4813	4818	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398349903
118	NC_018000	GAA	2	6	4826	4831	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398349903
119	NC_018000	TCA	2	6	5066	5071	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398349904
120	NC_018000	TGC	3	9	5137	5145	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398349904
121	NC_018000	CCAT	2	8	5200	5207	25 %	25 %	0 %	50 %	398349904
122	NC_018000	AG	3	6	5228	5233	50 %	0 %	50 %	0 %	398349904
123	NC_018000	GCG	2	6	5321	5326	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398349904
124	NC_018000	CG	3	6	5478	5483	0 %	0 %	50 %	50 %	398349904
125	NC_018000	ACCG	2	8	5500	5507	25 %	0 %	25 %	50 %	398349904
126	NC_018000	GGT	2	6	5518	5523	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	398349904
127	NC_018000	GCG	2	6	5537	5542	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398349904
128	NC_018000	CGC	2	6	5560	5565	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398349904
129	NC_018000	CAG	2	6	5649	5654	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398349905
130	NC_018000	AGCG	2	8	5800	5807	25 %	0 %	50 %	25 %	398349905
131	NC_018000	CAG	2	6	5840	5845	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398349905
132	NC_018000	TCG	2	6	5850	5855	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398349905
133	NC_018000	CGC	2	6	5899	5904	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398349905
134	NC_018000	CTC	2	6	5906	5911	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398349905
135	NC_018000	CCGT	2	8	5970	5977	0 %	25 %	25 %	50 %	398349905
136	NC_018000	GCC	2	6	5980	5985	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398349905
137	NC_018000	GGC	2	6	6043	6048	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398349905
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140	NC_018000	CCG	2	6	6136	6141	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398349905
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142	NC_018000	CTC	2	6	6203	6208	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398349905
143	NC_018000	GA	3	6	6228	6233	50 %	0 %	50 %	0 %	398349905
144	NC_018000	CTTC	2	8	6256	6263	0 %	50 %	0 %	50 %	398349905
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246	NC_018000	GC	3	6	11865	11870	0 %	0 %	50 %	50 %	398349911
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249	NC_018000	TCG	2	6	11952	11957	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398349911
250	NC_018000	GCGCA	2	10	12080	12089	20 %	0 %	40 %	40 %	398349911
251	NC_018000	GACG	2	8	12162	12169	25 %	0 %	50 %	25 %	398349911
252	NC_018000	ACC	2	6	12205	12210	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398349911
253	NC_018000	GCA	2	6	12216	12221	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398349911
254	NC_018000	CGA	2	6	12256	12261	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398349912
255	NC_018000	GTGC	2	8	12266	12273	0 %	25 %	50 %	25 %	398349912
256	NC_018000	TCG	2	6	12291	12296	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398349912
257	NC_018000	GCG	2	6	12312	12317	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398349912
258	NC_018000	CTG	2	6	12350	12355	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398349912
259	NC_018000	GGC	2	6	12356	12361	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398349912
260	NC_018000	CGC	2	6	12365	12370	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398349912
261	NC_018000	TCGTA	2	10	12526	12535	20 %	40 %	20 %	20 %	398349912
262	NC_018000	CGC	2	6	12554	12559	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398349912
263	NC_018000	CGA	2	6	12572	12577	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398349912
264	NC_018000	TGC	2	6	12589	12594	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398349912
265	NC_018000	ATC	2	6	12609	12614	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398349912
266	NC_018000	TCA	2	6	12634	12639	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398349912
267	NC_018000	TGC	2	6	12646	12651	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398349912
268	NC_018000	CTCTTC	2	12	12680	12691	0 %	50 %	0 %	50 %	398349912
269	NC_018000	CCGAGA	2	12	12796	12807	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398349912
270	NC_018000	CGG	2	6	12811	12816	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398349912
271	NC_018000	GCCC	2	8	12832	12839	0 %	0 %	25 %	75 %	398349912
272	NC_018000	CCT	2	6	12862	12867	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398349912
273	NC_018000	CG	4	8	12913	12920	0 %	0 %	50 %	50 %	398349912
274	NC_018000	CGC	2	6	12932	12937	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398349912
275	NC_018000	GCC	2	6	12956	12961	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398349912
276	NC_018000	ATG	2	6	12999	13004	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398349912
277	NC_018000	GCA	2	6	13359	13364	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398349913
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279	NC_018000	GAAG	2	8	13425	13432	50 %	0 %	50 %	0 %	398349913
280	NC_018000	GTC	2	6	13450	13455	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398349913
281	NC_018000	GAA	2	6	13508	13513	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398349913
282	NC_018000	GCC	2	6	13640	13645	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398349913
283	NC_018000	GTT	2	6	13659	13664	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	398349913
284	NC_018000	T	6	6	13663	13668	0 %	100 %	0 %	0 %	398349913
285	NC_018000	GAT	2	6	13690	13695	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398349913
286	NC_018000	GCA	2	6	13707	13712	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398349913
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288	NC_018000	CGTC	2	8	14010	14017	0 %	25 %	25 %	50 %	398349914
289	NC_018000	GTT	2	6	14061	14066	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	398349914
290	NC_018000	ATC	2	6	14098	14103	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398349914
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292	NC_018000	CGG	2	6	14157	14162	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398349914
293	NC_018000	GCC	2	6	14252	14257	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398349914
294	NC_018000	TCC	2	6	14371	14376	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398349914
295	NC_018000	GCGA	2	8	14421	14428	25 %	0 %	50 %	25 %	398349914
296	NC_018000	GCC	2	6	14676	14681	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398349915
297	NC_018000	GC	3	6	14691	14696	0 %	0 %	50 %	50 %	398349915
298	NC_018000	CGC	2	6	14706	14711	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398349915
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301	NC_018000	GCTT	2	8	14781	14788	0 %	50 %	25 %	25 %	398349915
302	NC_018000	CGA	2	6	14797	14802	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398349915
303	NC_018000	TCG	3	9	14805	14813	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398349915
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313	NC_018000	TGCA	2	8	15159	15166	25 %	25 %	25 %	25 %	398349915
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320	NC_018000	TCT	2	6	15427	15432	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398349915
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330	NC_018000	TCG	2	6	15783	15788	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398349915
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332	NC_018000	GCC	2	6	15815	15820	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398349915
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343	NC_018000	GCG	2	6	16171	16176	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398349915
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348	NC_018000	GATCG	2	10	16582	16591	20 %	20 %	40 %	20 %	398349916
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352	NC_018000	CGG	2	6	16868	16873	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398349916
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359	NC_018000	CGC	2	6	17004	17009	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398349916
360	NC_018000	ACG	2	6	17015	17020	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398349916
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377	NC_018000	A	6	6	17492	17497	100 %	0 %	0 %	0 %	398349917
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382	NC_018000	ACA	2	6	17835	17840	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	398349918
383	NC_018000	GATC	2	8	17876	17883	25 %	25 %	25 %	25 %	398349918
384	NC_018000	CGTTT	2	10	17910	17919	0 %	60 %	20 %	20 %	398349918
385	NC_018000	ATT	2	6	17975	17980	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	398349918
386	NC_018000	CCG	2	6	18021	18026	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398349918
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390	NC_018000	GC	3	6	18267	18272	0 %	0 %	50 %	50 %	398349918
391	NC_018000	GCCG	2	8	18308	18315	0 %	0 %	50 %	50 %	398349918
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394	NC_018000	GCCGC	2	10	18358	18367	0 %	0 %	40 %	60 %	398349918
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497	NC_018000	GGCC	2	8	23044	23051	0 %	0 %	50 %	50 %	398349924
498	NC_018000	GCC	2	6	23075	23080	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398349924
499	NC_018000	CAT	2	6	23143	23148	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398349924
500	NC_018000	GC	3	6	23159	23164	0 %	0 %	50 %	50 %	398349924

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